Di2は変速の速度や操作方法をPCでカスタマイズできるのであるが、それには接続ツールを購入する必要がある。

ノートPCに設定ソフトをインストール。CDーROMは添付されておらず、インターネットからダウンロードする。

Di2はLINKケーブルで各ユニットが接続される。ジャンクションは通常BB下に設けられるので、ここにPCからのケーブルを差し込む。

設定ソフトはバイクのタイプを選択する。バイクタイプをロードバイクにすると、Dura-AceやULTEGRAの構成ユニットを前提にするので、Alfineではエラーになる。Alfineはコンフォートバイクだそうである。
接続時に構成ユニットを訊いてくるので、それを正確に設定する。自動で認識するのではなく間違えるとやり直しである。画面にユニット構成図が表示されるので、わかりやすい。

設定項目は
・変速レバーの設定（アップ、ダウンを入れ替える）
・スイッチの押しっぱなしでの多段変速（2段、3段、連続）
・連続変速の速度（5段階）
である。
できればアップ側とダウン側で変速速度を個別設定できれば良いのだが・・・。

これだけの設定に1万8千円はいい値段であるが、停車時に1速に戻すのに連続変速は必須機能である。